Na jaren van intensieve voorbereidingen en de start van de sloop eind 2005, volgde in 2006 de verbouwing van het museum. De stuurgroep waarin de provincie Zeeland, de gemeente Middelburg en het Zeeuws Museum waren vertegenwoordigd, gaf leiding aan het project. De provincie Zeeland gaf, mede namens het Zeeuws Museum, de opdracht van de verbouwing en het nagelvaste deel van de inrichting aan de hoofdaannemer De Kok Bouwgroep uit Bergen op Zoom. De belangrijkste onderaannemers waren Wolter & Dros (installaties) uit Heinkenszand en Heijmerink | Wagemakers, vormgevingsatelier uit Nieuwegein. Koch projectmanagement uit Goes coördineerde de verbouwing. Het bouwontwerp was van architectenbureau Rothuizen van Doorn ’t Hooft. Christian Kieckens Architects ontwierp de inrichting.Aan het Abdijplein werd de nieuwe ingang, met daarnaast een centraal trappenhuis, gerealiseerd. Het museum werd voorzien van de nieuwste technieken en installaties, zoals een klimaatinstallatie met warmte-koude-opslag onder het Abdijplein. Naast de diverse elektrotechnische installaties werden netwerken aangelegd voor het dataverkeer, de verlichting, de beveiliging, de toegangscontrole en de brandmeldsystemen.Het Zeeuws Museum werkte met deskundigen aan de nieuwe inrichting, aan de audiovisuele middelen, videoguides, het assortiment van de museumwinkel, aan de mediatheek en de bewegwijzering. Liesbeth Labeur leverde voorstellen voor de scenografie van de zalen over de Zeeuwse vroegtijd, Piet Dieleman voor de schilderijenzaal en Veerle Vreeke en Pietie Westerneng voor de Wonderkamers. De kunstenaars Paul en Menno de Nooijer voltooiden de vierdelige film over de Abdij. Ook werden zes van de negen films over de vroegtijd voltooid. Beide films werden mede gefinancierd door de Mondriaan Stichting. Voor de Abdijfilm werd een extra subsidie ontvangen van het Stimuleringsfonds voor Architectuur. Het cultuurfonds van de bank Nederlandse Gemeenten droeg bij aan de totstandkoming van de vroegtijdfilms.Eind 2006 maakte het Zeeuws Museum bekend dat de officiële opening van het vernieuwde museum op 4 juni 2007 zou gaan plaatsvinden.

Valentijn Byvanck